Madrasah Aliyah Negeri Banyuwangi (MAN Banyuwangi) bermula dari Sekolah Persiapan Institut Agama Islam Negeri (SPIAIN) Situbondo. Dengan Surat Keputusan Menteri Agama No. 27 tahun 1980, tertanggal 31 Mei 1980, SPIAIAN Situbondo di relokasi ke Banyuwangi menjadi Madrasah Aliyah Negeri Banyuwangi.
Penerimaan siswa baru sudah dimulai sejak tahun pelajaran 1979/1980 yang diperkarsai oleh Bapak Drs. H. Damin Nasar. Sejak keluarnya SK Menteri Agama tersebut secara operaional Madrasah Aliyah Negeri Banyuwangi (MAN Banyuwangi) secara bertahap terus mengembangkan diri.
Seiring dengan semangat dan antusiasme masyarakat terhadap Madrasah, maka Madrasah Aliyah Negeri Banyuwangi secara bertahap mulai membuka kelas jauh (Fillial) sebagai berikut :
- Tahun Pelajaran 1981/1982 di Parijatah Srono
- Tahun Pelajaran 1982/1983 di Situbondo
- Tahun Pelajaran 1983/1984 di genteng
Pada awal keberadaanya, sebagaimana lajimnya madrasah belum memiliki gedung sendiri, sehingga kegiatan belajar mengajar dilaksanakan pada gedung pinjaman dengan kronologis sebagai berikut :
- Tahun Pelajaran 1979/1980 di gedung MI Penataban Giri
- Tahun Pelajaran 1980/1981 di MI Roudlutul Ulum Panderejo
- Tahun Pelajaran 1981/1982 di Kelas I dan II di SDN Kebalenan Banyuwangi, sedangkan Kelas III digedung sendiri di Jalan Ikan Tengiri No. 02, Sobo – Banyuwangi
Pada awal berdirinya MAN Banyuwangi sampai saat ini, sudah mengalami beberapa pereode kepemimpinan.
- Periode pertama (tahun 1979 sampai 1981) oleh Drs. H. Damin Nassar.
- Periode kedua (tahun 1981 sampai 1990) oleh Drs. H. Anies Malady.
- Periode ketiga (tahun 1990 sampai 1995) oleh Drs. H. Dulhalim.
- Periode keempat (tahun 1995 sampai 2003) oleh Drs. H. Mursidi.
- Periode keenam (tahun 2003 sampai 2008) oleh Drs. H. Sumiran.
- Periode ketujuh (tahun 2008 sampai 2010) oleh H. Choirul Anam S.H., M.Pd.I.
- Periode kedelapan (tahun 2010 sampai 2011) oleh H. Kosim, MPd.I., M.Ag.
- Periode kesembilan (tahun 2011 sampai Maret 2012) oleh H. Hairomi Hasyim, SPd., MPd.I.
- Periode kesepuluh (Maret tahun 2012 sampai sekarang ) oleh Drs. Moh Anwar, M.Pd.I.